Slovenská agentúra životného prostredia plní funkciu Sprostredkovateľského orgánu pre Operačný program Životné prostredie a Operačný program Kvalita životného prostredia. Úlohy vyplývajúce z tejto funkcie vykonáva v rámci SAŽP Sekcia fondov EÚ.
Na základe Splnomocnenia sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na plnenie úloh riadiaceho orgánu, Dodatku č. 1 a Dodatku č. 2 zabezpečuje Sekcia fondov EÚ činnosti súvisiace s implementáciou projektov, s procesom monitorovania a hodnotenia pomoci, s informovaním a publicitou v programovom období 2007 – 2013 v rámci Operačného programu Životné prostredie v rozsahu prioritných osí 1, 2, 3, 4, 5 a 7.
V programovom období 2014 – 2020 je SAŽP Zmluvou o vykonávaní časti úloh riadiaceho orgánu sprostredkovateľským orgánom poverená výkonom úloh Operačného programu Kvalita životného prostredia v oblasti programovania, realizácie projektov, monitorovania a hodnotenia operačného programu, informovania a komunikácie ako i v prierezových oblastiach.
Sekcia fondov EÚ sa v zmysle Dohody o plnomocenstve podieľa na plnení úloh programu nadnárodnej spolupráce pre Operačný program Stredná Európa a pre Operačný program Juhovýchodná Európa.